Laboratoire de Biochimie Théorique
Samuela Pasquali
Maitre de Conferences Université Paris IIV Diderot
Tel: +33 1-58-41-51-69
Fax: +33 1-58-41-50-26
Email: samuela.pasqualiibpc.fr
Office: 308

CV
Études et Diplômes
1993-1998 : Laurea en Physique, Università Statale di Milano, 110/100 cum laude.
1999-mai 2005 : Département de physique, New York University, New York, NY USA mai 2001 : Master of Science.
2001-2002 : recherche dans le laboratoire de « Computational Biology, Chemistry, Biomathematics » sous la supervision du Professeur Tamar Schlick.
2002-2005: recherche de thèse sous la supervision du Professeur J.K. Percus au département de physique.
mai 2005 : Ph.D., titre de la thèse : ''Studies in confined biopolymers'', mention (GPA) 3.8 (sur 4)
juillet 2014 : Habilitation à Diriger des Recherches, Université Paris Diderot, titre du mémoire: « Modeling RNA structures and folding ».

Expérience professionnelle
Septembre 2005 – Août 2008 : Post-Doc au « Laboratoire de physico-chimie théorique (PCT) » à l'ESPCI sous la supervision de Anthony C. Maggs (DR CNRS).
Depuis septembre 2008 : Maitre de conférences à l’Université Paris Diderot et au LBT

Activité scientifique
Recherche interdisciplinaire à l’interface entre la physique statistique, chimie théorique, biologie moléculaire.
Thèmes de recherche traités au cours de la carrière et ayant donné lieu à publications internationales :
• Modèles de repliement de protéines (biologie/physique),
• Classification et analyse de structures secondaire de l’ARN (biologie/mathématique),
• Théorie de polymères confinés (physique statistique),
• Théorie et calcul numérique des forces de dispersion et de Van der Waals (physique),
• Modélisation gros-grains de protéines et des acides nucléiques, repliement 3D de l’ARN (physique/chimie/biologie moléculaire).

Enseignement
2000-2005: « Teaching assistant » (monitrice) pour le département de physique à NYU.
Depuis septembre 2008 : Maitre de Conférences
• Bioinformatique - L3 et M1 (cours, TD et TP) Sciences du vivant
• Analyses numériques et applications- M2 In Silico Drug Design (cours et TD)
• Mathématiques - L1 (cours, TD) Département de Science de la Vie
• Outils pour biologistes (mathématique et physique) - L1 (cours, TD) UFR Science du Vivant
• Anglais scientifique: présentation à l'oral - M2 Bioinformatique
Depuis septembre 2012 : Développement TICES (enseignement par le numérique) en complément des cours en amphi.

Responsabilités collectives et pédagogiques
Depuis 2011 : Responsable UE Bioinformatique L3, environs 150 étudiants.
2012-2014 : Responsable UE Mathématique L1 SDV, devenu en 2014 le cours Outils pour Biologistes L1 SDV (mathématiques et physique), env. 300 étudiants.
Depuis 2014 : Membre de la commission TICES de l'UFR du Science du Vivant (depuis sa formation)
2012-2013 : Membre invité conseil du Département de Science de la Vie
Depuis 2014: Membre de la commission pédagogique L1 et L2 de l'UFR du Science du vivant (depuis sa formation).
2012-2014 : Membre du comité pour l'élaboration de la maquette 2014-2018 pour l’enseignement de mathématiques et de la physique en Science du Vivant.


Publications
1. R.A. Broglia, G. Tiana, S. Pasquali, H. E. Roman, E. Vigezzi, Folding and Aggregation of Designed Protein Chains, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 95, 12930-1293 (1998)
2. H. H. Gan, R. A. Perow, S. Roy, J. Ko, M. Wu, J. Huang, S. Yan, A. Nicoletta, J. Vafai, D. Sun, L. Wang, J. E. Noah, S. Pasquali, and T. Schlick, Analysis of Protein Sequence-Structure Similarity Relationships , Biophys. J. , 83, 2781-2791 (2002)
3. H. H. Gan, S. Pasquali, and T. Schlick, Exploring The Repertoire of RNA Secondary Motifs Using Graph Theory with Implications for RNA Design , Nuc. Acids Res., 31: 2926-2943 (2003)
4. S. Pasquali, H.H. Gan, T. Schlick, Modular RNA architecture revealed by computational analysis of existing pseudoknots and ribosomal RNAs , Nuc. Acids Res., 33, 1384-1398 (2005)
5. S. Pasquali, J.K. Percus, Mapping a homopolymer onto a Model Fluid, J. Chem. Phys. 125, 064906 (2006)
6. S. Pasquali, F. Nitti, A.C. Maggs, Numerical methods for fluctuation driven interactions between dielectrics, Phys. Rev. E, 77, 016705 (2008)
7. S. Pasquali, A.C. Maggs, Fluctuation-induced interactions between dielectrics in general geometries , Sept 2007, J. Chem. Phys 129, 14703 (2008)
8. S. Pasquali, A.C. Maggs, Numerical studies of Lifshitz interactions between dielectrics , Phys. Rev. A 79, 020102 (2009)
9. S. Pasquali, J. K. Percus , Mean field and the confined single homopolymer , Molecular Physics 107, 1303-1312 (2009)
10. S. Pasquali, P. Derreumaux, HiRE-RNA: a high resolution coarse-grained energy model for RNA , J Phys Chem B., 114, 11957-11966 (2010)
11. Y. Spill, S. Pasquali, P. Derreumaux, Impact of thermostats on the folding and aggregation properties of peptides using the OPEP coarse grained model , J Chem Theory Comput, 7,1502-1510 (2010)
12. Y. Chebaro, S. Pasquali, P. Derreumaux, The coarse grained OPEP model for non-amyloid and amyloid proteins , J Phys Chem B, 116, 8741-8752 (2012)
13. T. Cragnolini, P. Derreumaux, S. Pasquali, Coarse-grained simulations of RNA and DNA duplexes , J Phys Chem B, 117, 8047-8060 (2013)
14. F. Sterpone, S. Melchionna, P. Tuffery, S. Pasquali, N. Mousseau, T. Cragnolini, Y. Chebaro, J-F. Saint-Pierre, M. Kalimeri, A. Barducci, Y. Laurin, A. Tek, M. Baaden, P.H. Nguyen, P.Derreumaux, The OPEP coarse-grained protein model: from single molecules, amyloid formation, role of macromolecular crowding and hydrodynamics to RNA/DNA complexes , Chem Soc Reviews, 43, 4871-4893 (2014)
15. B. Laurent, M. Chavent, T. Cragnolini, A-C.E. Dah, S. Pasquali, P. Derreumaux, M.S.P. Sansom, M. Baaden, Epock: speedy analysis of protein pocket dynamics, Bioinformatic , accepted for publication (2014)
16. T. Cragnolini, Y. Laurin, P. Derreumaux, S. Pasquali, Predicting 3D RNA structures with a high resolution coarse-grained model , ArXiv:1404.0568v1 [q-bio], submitted to angew chem int edit (2014)