Chantal Prévost

Chargée de Recherche CNRS
Tel: +33 1-58-41-51-71
Fax: +33 1-58-41-51-74
Courriel: chantal.prevost ibpc.fr
Piece: 311




Intérêts Scientifiques 




 

Mécanisme de la recombinaison homologue induite par RecA

Exploration du mécanisme de la reconnaissance de séquence et de l'échange de brins d'ADN au sein du nucléofilament de RecA    Nous avons simulé pour la première fois l'échange d'appariement qui se produit spontanément au sein d'un nucléofilament de RecA lors de la recherche d'homologie de séquence entre brins d'ADN.
 

  • schéma du complexe de recombinaison et du mode possible d'association entre nucléofilament et ADN
  • vidéo du modèle que nous proposons pour l'étape initiale de la recombinaison, où 8 nucléotides sont testés par échange très rapide d'appariement (construction et simulation de dynamique moléculaire)
  • visualiser la video des premiers tests de construction du modèle par simulation interactive




 

Déformations  de grande amplitude de l'ADN

Génération et optimisation d'ADN déformé, notamment par la formation de complexes protéine/ADN 





Développement d'algorithmes pour l'amarrage flexible de macromolécules

Dans notre approche, les parties protéiques flexibles sont représentées par des ensembles de conformations (copies) qui couvrent l'espace accessible. Au cours de la simulation d'amarrage, toutes les copies sont prises en compte simultanément, elles sont traitées par la théorie du Champ Moyen.

Cette stratégie a été couplée à deux méthodes d'exploration:  
  • Monte Carlo (amarrage de précision ADN/protéine à résolution atomique) et
  • Minimization (amarrage systématique protéine/protéine et protéine/ADN à résolution réduite; Bastard et al., Proteins 2006, 62, 956). 


Logiciels 

Ptools    Une librairie Py/C++ orientée objet qui permet de manipuler et assembler des modèles de protéines 
               et d'ADN en  représentation simplifiée  (gros grain) ou atomique.         
                         
                Ptools est à l'origine le support de distribution du programme d'amarrage  ATTRACT ( M. Zacharias)
               Ptools a été conçu et développé par Adrien Saladin
               Il est maintenu et développé par Benoist Laurent, Charles Robert, Pierre Poulain et Chantal Prévost
PTools est librement accessible sur Github https://github.com/ptools/ptools/tree/develop

MC2      Une approche par   Monte  Carlo /  Multi  Copie pour l'amarrage flexible de précision 
               protéine/ADN              
               par Karine Bastard, Aurélien Thureau et Chantal Prévost

Ateliers et Projets

► CECAM Workshop  "Flexible Docking", Lyon France    (2004)  

► ACI IMPBio : projet ModRecHom        (2004-2007)                 
  "Modélisation multi-échelle d'interactions moléculaires dynamiques. Application à la recombinaison"
  en collaboration avec Jean-Louis Viovy, Institut Curie Paris et Marie Dutreix, Institut Curie Orsay