Chargée de Recherche CNRS
Tel: +33 1-58-41-51-71
Fax: +33 1-58-41-51-74
Courriel: chantal.prevost
ibpc.fr
Piece: 311
Intérêts Scientifiques

Mécanisme de la recombinaison homologue induite par RecA
Exploration du mécanisme de la reconnaissance de séquence et de l'échange de brins d'ADN au sein du nucléofilament de RecA
- visualiser le complexe de recombinaison et un mode possible d'association entre nucléofilament et ADN
- visualiser la video de la construction du modèle par simulation interactive
- lire l'article dans Nucleic Acids Res 2010

Déformations de grande amplitude de l'ADN
Génération et optimisation d'ADN déformé, notamment par la formation de complexes protéine/ADN
Développement d'algorithmes pour l'amarrage flexible de macromolécules
Dans notre approche, les parties protéiques flexibles sont représentées par des ensembles de conformations (copies) qui couvrent l'espace accessible. Au cours de la simulation d'amarrage, toutes les copies sont prises en compte simultanément, elles sont traitées par la théorie du Champ Moyen.Cette stratégie a été couplée à deux méthodes d'exploration:
- Monte Carlo (amarrage de précision ADN/protéine à résolution atomique) et
- Minimization (amarrage systématique protéine/protéine et protéine/ADN à résolution réduite; Bastard et al., Proteins 2006, 62, 956).
Logiciels
Ptools Une librairie Py/C++ orientée objet qui permet de manipuler et assembler des modèles de protéineset d'ADN en représentation simplifiée (gros grain) ou atomique.
Ptools est le support de distribution du programme d'amarrage ATTRACT ( M. Zacharias)
Ptools a été conçu et développé par Adrien Saladin
avec la collaboration de Pierre Poulain, Sébastien Fiorrucci, Martin Zacharias et Chantal Prévost
MC2 Une approche par Monte Carlo / Multi Copie pour l'amarrage flexible de précision
protéine/ADN
par Karine Bastard, Aurélien Thureau et Chantal Prévost
Ateliers et Projets
► CECAM Workshop "Flexible Docking", Lyon France (2004)► ACI IMPBio : projet ModRecHom (2004-2007)
"Modélisation multi-échelle d'interactions moléculaires dynamiques. Application à la recombinaison"
en collaboration avec Jean-Louis Viovy, Institut Curie Paris et Marie Dutreix, Institut Curie Orsay