Seminars and defenses

2018

 

- Jeudi 13 décembre 14h30, Salle de conférence: Séminaire de Carlo Pierleoni (abstact) " Modelling F-actin bundles pushing hard obstacles and flexible membranes"

- Vendredi 7 décembre 11h00, Bibliothèque: Séminaire de Giovanni Ciccotti (abstract) " Further perspectives for holonomic constraints in molecular dynamics"

- Lundi 17 septembre 14h30, Salle de conférence: Séminaire d'Elise Duboué-Dijon (abstract) "Insulin conformations and storage: Molecular simulation of the role of divalent cations and neurotransmitters"

 

- Jeudi 1er février, 14h30, Salle de conférence: Séminaire de Ranjit P. Bahadur (abstact) "Structural analysis of protein-RNA complexes: what we learn from the protein data bank", Computational structural biology lab, Department of Biotechnology, ITT Kharagpur, Inde

 

 

2017

- Jeudi 14 décembre, 14h30, Salle de conférence: Séminaire de Florent Barbault (abstract) "Dynamique moléculaire de la reconnaissance Ligand/Aptamètre dans un biocapteur", ITODYS, Université Paris Diderot, Paris

- Lundi 11 décembre, 15h30, Bibliothèque: Séminaire de Joao Rodrigues (abstract) "Better together: integrative modeling of protein interactions", Department of structural biology, Stanford university, USA

- Jeudi 7 décembre, 14h30, Salle de conférence: Séminaire de Alexey Aleksandrov (abstract) "Computer simulations of enzyme reactions", Laboratoire de Biochimie, Ecole Polytechnique, Palaiseau

- Vendredi 24 novembre, 14h30, Bibliothèque: Soutenance de thèse de Sébastien Doutreligne "Developpements logiciels pour les simulations moléculaire interactives: applications au repliement des biomélcules"

- Vendredi 24 novembre, 11h00, Bibliothèque: Séminaire de Alexandre Bonvin (abstract) "Integrative modelling of biomolecular complexes from fuzzy data", Faculty of Science, Utrecht University, Netherlands 

- Jeudi 16 novembre, 14h00, Salle de conférence: Séminaire de Karine Bastard (abstract) "Structural modeling and classification of active sites for guiding enzyme functionnal annotation", Laboratoire d'Analyses Bioinformatiques pour la Génomique et le Métabolisme, Direction de la recherche fondamentale, CEA 

- Mercredi 15 novembre, 15h00, Salle de conférence: Séminaire de Pierre Illien (abstract) "Effect of crowding and hyrdodynamic interactions on the dynamics of flucuating systems", ESCPI, Laboratoire d'EC2M, Paris  

- Jeudi 9 novembre, 14h30, Salle de conférences: Séminaire de Panagiotis Theodorakis (abstract) " Using the contact map in the MARTINI and Elastic network models to study large conformation changes in proteins", Institute of Physics, Polish academy of sciences, Warsaw, Poland

- Mardi 31 octobre 14h30, Salle de conférence: Séminaire de Andrei Neamtu (abstract) " Molecular simulation of water and ion transportation through membrane channels", Suprachem Lab, Petru Poni Institute of macromolecular chemistry, Iasi, Romania

- Jeudi 4 mai, 10h30, Bibliothèque: Séminaire de Claire Colas (abstract) " SLC transporters: structure, fonction and drug discovery", Department of pharmacological sciences, Icahn school of medecine at Mount Sinai, New York, USA

- Mercredi 26 avril, 14h30, Bibliothèque: Séminaire de Stepan Timr (abstract) "Entering membranes: Stories learned from fluorescent probes and myristoyl switches", Czech academy of sciences, Institute of organic chemistry and biochemistry, Prague, République Tchèque

- Jeudi 20 avril, 14h30, Salle de conférences: Séminaire de Hugo Gattuso (abstract) "DNA damages: the birth, life and death of nucleobases lesions", SRSMC Université de Lorraine, Nancy

- Lundi 13 mars, 14h30, Salle de conférences: Séminaire de Olivier Benichou (abstract), "First-passage times of Markovian and non Markovian random walks", LPTMC, Université Pierre et Marie Curie, Paris

- Jeudi 23 février, 14h00, Salle de conférences: Séminaire de Juan Cortes (abstract) "Over a decade applying robotics-inspired algorithms to the study of biomolecules", CNRS-LAAS, Toulouse

- Jeudi 26 janvier, 14h00, Salle de conférences:  Soutenance de thèse de Dario de Vecchis (abstract) " Gaining insights into mitochondrial membrane fusion through a structural and dynamic atomistic model of mitofusin Fzo1p "

 

 

2016

- Vendredi 16 décembre 13h30, Bibliothèque: Soutenance de thèse de Carlyle Ribeiro-Lima (abstract) " Structural modelling and characterization of target specifics of trypanosoma cruzi, etiologic agent of chagas disease "

- Vendredi 16 décembre, 10h30, Bibliothèque: Séminaire de Jérôme Golebiowski (abstract) " Smells like silicon spirit ", Laboratoire ICN, Universté Sophia Antipolis, Nice

- Jeudi 24 novembre, 14h30, Bibliothèque: Soutenance de thèse de Mara Chiricotto (abstract) "Hydrodynamic effect on ß-Amyloid peptide aggregation"

- Vendredi 14 octobre, 14h00, Bibliothèque: Soutenance de thèse de Marina Katava (abstract) "Thermophilic proteins: stability and function"

- Jeudi 13 octobre, 14h30, Salle de conférences: Séminaire de Claudio Perego (abstract) "Advanced sampling in liquids",ETH Zürich, Computational sciences, Suisse

- Jeudi 29 septembre, 14h30, Bibliothèque: Soutenance de thèse de Yoann Laurin (abstract) "Etude de la structure du peptide NFL-TBS.40-63 et de son intéraction avec la région C-Terminale de la sous-unité ß de la tubuline"

- Mardi 20 septembre, 13h30, Bibliothèque: Soutenance de thèse de Thanh Thuy TRAN (abstract) "Lattice model for amyloid peptides: OPEP force fiel parametrization and applications to the nucleus size of Alzheimer's peptides"

- Jeudi 15 septembre, 14h30, Salle de conférences: Séminaire de David Giganti (abstract) "Looking at proteins under force to study their rapid and dynamic modifications", King's college, London, UK

- Vendredi 8 juillet, 14h30, bibliothèque: Séminaire de Petr Sulc (abstract) " Coarse-grained modelloing of nucleic acids for biology and nanotechnology", Rockefeller University, New York, USA

- Jeudi 23 juin, 14h30, Salle de conférences: Séminaire de Silke Wieninger (abstract) " A more dynamic viex on protein domains ", Unité de Biochimie structurale, Institut Pasteur, Paris

- Jeudi 28 avril, 14h30, Salle de conférences: Séminaire de Steven A. Corcelli (abstract) " DNA Hydratation: A perspective from MD simulations of solvation dynamics and vibrationnal spectroscopy", Department of chemistry and biochemistry, University of Notre Dame, Notre Dame, IN, USA

- Jeudi 21 avril, 14h30, Salle de conférences: Séminaire de Nathalie Lagarde (abstract) " Discriminating agonist and antagonist ligands of the Nuclear Receptors using docking and pharmacophores predictions ", Laboratoire GBA (Génomique, Bioinformatique et Applications), CNAM, Paris

- Jeudi 31 mars, 14h30, Bibliothèque: Séminaire de Matthias Heyden (abstract) " Thermodynamic properties of water solvating biomolecular surface ", Max-Planck-Institut für Kohlenforschung, Mülheim, Germany

- Jeudi 24 mars, 14h30, Salle de conférences: Séminaire de Grace Brannigan (abstract) " Pharmacology in a membrane: Interactions of lipophilic small molecules with pentameric lignad-gated ion channels ", Rutgerds University, Camden, USA

- Mercredi 23 mars, 14h30, Salle de conférences: Séminaire de Tony Lelièvre (abstract) " Adaptative techniques for molecular dynamics computations ", Ecole des Ponts ParisTech, CERMICS, Marne la Vallée

- Mardi 23 février,  11h00, Bibliothèque: Séminaire de Irene Maffucci (abstract) " Optimization and application of computational methods for the design of protein-protein interactions modulators ", Universita degli studi di Milano, Italy

- Jeudi 11 février,  14h30, Salle de conférences: Séminaire de F.L Barroso da Silva (abstract) " Protein complexation driven by electrostatic interactions ", University  of Sào Paulo, Brazil

- Jeudi 28 janvier,  14h30, Bibliothèque: Séminaire de Peter Bolhuis (abstract) " Understanding the dynamics of protein rare events ", University  of Amsterdam, Netherlands

 

2015

- Jeudi 10 décembre, 14h30, Bibliothèque: Séminaire de Raphael Guerois (abstract) " Structural modeling of protein interactions using evolution", Laboratoire de Biologie Structurale et radiobiology, CEA, Saclay

- Jeudi 26 novembre 2015, 14h30, Bibliothèque: Séminaire de Helmut Grubmuller (abstract) " Atomistic simulation of single molecule experiments: molecular machines and a dynasome perspective, Max Planck Institute for biophysical chemistry, Gottingen, Germany

- Mardi 29 septembre 2015, 10h30, Bibliothèque: Séminaire de Simone Melchionna (abstract) " Macromolecules and hydrodynamics: a simulation approach ", Sapienza University, Institute for complex systems, Physics department, Rome, Italy

- Jeudi 24 septembre 2015, 14h30, Salle de conférences: Séminaire de Benedetta Menucci (abstract) " Limits and potentials of QM/classical methods for the modeling of photoinduced processes in biosystems ", Dipartimento di Chimica e Chimica industriale, University of Pisa, Italy

- Jeudi 11 juin 2015, 14h30, Salle de conférences: Séminaire de Michele Ceriotti (abstract) " Machine-learning structural patterns and free-energy landscapes in biomolecules", Ecole fédérale de Lausanne, Lausanne, Suisse

- Jeudi 28 mai 2015, 14h30, Salle de conférences: Séminaire de Gerhard Hummer (abstract) " Molecular motors and pumps in biology", Department of theretical biophysics, Max Planck Institute of Biophysics, Frankfurt, Germany

- Jeudi 16 avril 2015, 14h30, Salle de conférences: Séminaire de Manuel F. Ruiz-Lopez (abstract) " A theoretical approach to understanding solvation, spectroscopy and chemical reactivity of molecules at aqueous interfaces", SRSMC, Université de Lorraine

- Jeudi 9 avril 2015, 14h30, Salle de conférences: Séminaire de Mainak Guharoy (abstract) " Characterization of degrons that mediate regulated protein degradation via the ubiquitin-proteasome pathway", VIB Structural Biology Research Center, Vrije Universiteit Brusssel, Belgique
 
- Vendredi 27 mars 2015, 11h00, Bibliothèque: Séminaire de Promita Chakraborty (abstract) " Physical Biomodeling and Peppytide Models for Protein Folding", Computer and Science Technology, Virginia Tech, Blacksburg, USA

- Jeudi 5 mars 2015, 14h30, Salle de conférences : Séminaire de Aurélien de la Lande (abstract) " Simulations numériques des transferts d'électrons dans les proteines", Laboratoire de Chimie Physique, CNRS UMR 8000, Université Paris-Sud, Orsay

- Lundi 23 février 2015, 9h30, Salle de conférences : Séminaire de Josep Maria Campenera Alsina (abstract) " Energetic contributions of residues to the formation of early amyloid-ß oligomers", Physical Chemistry, Facultat de Farmacià; Universitat de Barcelona, Catalonia, Spain